Секретаріат ВМГО "Союз обдарованої молоді" є одним із базових відділів та існує із самого початку утворення Союзу обдарованої молоді. Фундатором та незмінним керівником Секретаріату є Заступник Голови Правління, людина безмірно віддана справі - Решновецький Сергій Леонідович.
До компетенції Секретаріату належать загальні питання організації діяльності центральних органів ВМГО "Союз обдарованої молоді". Працівники Секретаріату розробляють внутрішні і вихідні документи організації, опрацьовують вхідну кореспонденцію, слідкують за вчасним наданням відповідей на письмові звернення.
Секретаріат ВМГО "Союз обдарованої молоді" контролює виконання рішень Ради, Правління, Колегії СОМ. Начальник Секретаріату слідкує за вчасним виконанням доручень Голови Правління.
До структури Секретаріату також належать сектор звітності та сектор стратегічного планування. Працівники сектору звітності займаються складанням і вчасним наданням звітної документації контролюючим органам та донорським організаціям.
Сектор стратегічного планування займається аналітикою, розробкою стратегії організації, оцінкою ризиків та експертизою.